В очередной раз убеждаюсь насколько коллективное сознание бывает право. ЕГЭ вопреки логике (всё же это Единый Государственный Экзамен) все склоняют как слово среднего рода, как «оно». И в самом деле, сказать, что ЕГЭ - это «он», язык не поворачивается. Оно, по своей сути, должно начинаться на вторую букву аббревиатуры, а не на первую.